Les analyses microbiologiques sont réalisées pour contrôler la qualité microbiologique des matières premières brutes, en cours de transformation ou du produit fini (aliment) le plus souvent par rapport à une norme. Ces analyses prennent aussi place dans des réseaux de distribution et permettent une bonne évaluation de la qualité et une mise en évidence d’éventuelles contaminations. Elles consistent en la mise en œuvre des méthodes de détection, de dénombrement et/ou de caractérisation de microorganismes.