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Un système de référence en anatomie, désigne la terminologie utilisée pour se repérer de façon précise dans la structure anatomique d'un organise. Un système de référence anatomique repose sur un ensemble de plans et d'axes définis par rapport à la position standard de l'organisme décrit. Par exemple, on utilise cette terminologie pour indiquer l'orientation des coupe histologiquesou des vues utilisées dans les schémas et images médicale en médecine à partir de la position, c'est-à-dire lorsque le sujet est debout face à l'observateur.