Le module de la microbiologie environnementale est essentiel dans l'option de génie de l'environnement car tous les bioprocédés reposent sur les activités microbiennes intervenant dans la dégradation et la transformation des matières polluantes. 

La matière de ce module est établie comme suit :

1. Chapitre I : Introduction a la microbiologie générale

2. Chapitre II : Microbiologie du sol

3. Chapitre III : Microbiologie de l'eau

4. Chapitre IV : Microbiologie de l'air

5. Chapitre V : Microbiologie des milieux extrêmes