Les deux modules enseignés en M1 GE (biochimie et microbiologie environnementale) sont des prérequis pour le module de bioprocédés. Tous les bioprocédés connus en science de l'environnement sont d'origine microbienne car la biodégradation et/ou la transformation de la matière polluante sont issues de l’activité microbienne. 

La première partie renferme toutes les voies métaboliques microbiennes impliquées dans la dégradation de la matière organique polluante tandis que la deuxième partie de ce module est constitue de plusieurs exemples d'application de ces bioprocédés dans le domaine de l’environnent.